Meski dinamakan Stasiun Klender, tempat pemberhentian kereta api ini sebetulnya tidak terletak di Kelurahan Klender, Duren Sawit, Jakarta Timur. Stasiun Klender merupakan stasiun kereta api kelas II yang terletak di Jatinegara Kaum, Pulo Gadung, Jakarta Timur. Memang tidak jauh dari Kelurahan Klender, maka dinamakan Stasiun Klender.
Stasiun ini sudah ada sejak zaman pemerintahan Hindia-Belanda dan dipegang oleh perusahaan Staatspoorwegen (SS) milik pemerintah. Dulu stasiun ini dibuat dengan peron pendek. Peronnya hanya mampu memuat rangkaian KRL hingga 6 gerbong. Sedangkan, 2 gerbong sisanya tidak mendapat peron. Sehingga, penumpang yang akan turun di stasiun ini harus bergeser ke gerbong lainnya.
Namun, kini peron di Stasiun Klender sudah diperpanjang, sehingga muat untuk rangkaian KRL sebanyak 12 gerbong. Sejak\ tahun 2018, stasiun ini sudah menggunakan bangunan stasiun dengan arsitektur modern minimalis yang futuristic. Letak stasiun yang direnovasi ini tidak jauh dari stasiun lama. Perubahan ini mengubah sedikit tata letak jalur kereta awal yang semula diapit dua peron sisi menjadi satu peron.
Bangunan stasiun yang lama, bekas kebakaran pada 19 Mei 2017, dirobohkan sejak konstruksi bangunan baru berlangsung. Sementara itu, wesel yang semula ada dua ini dicabut, karena pembangunan jalur dwiganda rute Manggarai – Cikarang dan karena sudah tidak melayani susul silang kereta masuk Stasiun Jatinegara.